بنای دانشکده علوم پایه به تاسیس گروه ریاضی کاربردی و راه‌اندازی رشته ریاضی کاربردی در سال ۱۳۸۵ بر می‌گردد. و در سال‌های ۱۳۸۶ و ۱۳۸۷ گروه های آموزشی شیمی و زیست شناسی سلولی و مولکولی راه‌اندازی شدند. این دانشکده مدتی خارج از سایت اصلی دانشکده و در خیابان معلم شمالی مراغه قرار داشت که با تکمیل ساختمان آن در سال ۱۳۹۰ به سایت اصلی دانشکده منتقل گردید. هم اکنون این دانشکده با بیش از هفده رشته و گرایش در مقاطع تحصیلی دکتری، کارشناسی ارشد و کارشناسی به انجام فعالیت های آموزشی و پژوهشی مشغول است. از افتخارات این دانشکده می‌توان به شرح ذیل اشاره نمود:

۱- کسب مدال برنز مسابقات ریاضی توسط دانشجوی مقطع کارشناسی ریاضی (آقای هادی امیرفرهنگی-سال ۱۳۸۹)

۲- قبولی تعداد قابل توجهی از فارغ التحصیلان این دانشکده در مقاطع بالاتر تحصیلی و کسب رتبه های برتر در کنکورهای سراسری کارشناسی ارشد و دکتری

۳- انتخاب عضو هیأت علمی این دانشکده به عنوان یکی از ۱۰۰ محقق سرآمد کشور (دکتر باقر افتخاری-سال ۱۳۹۴)

۴- اختصاص جایزه Highly Commended از انتشارات Emerald به مقاله استاد دانشکده (دکتر غلامرضا مهدوی‌نیا-سال ۱۳۹۴)

۵- نقش بستن مقاله استاد دانشکده علوم‌پایه بر جلد مجله بین‌المللی International Journal of Quantum Chemistry (مقاله دکتر اسرافیلی-سال ۱۳۹۴)

۶- نقش بستن مقاله استاد دانشکده علوم‌پایه بر جلد مجله Structural Chemistry (مقاله دکتر اسرافیلی-سال ۱۳۹۵)

۷- انتخاب عضو هیأت علمی دانشکده به عنوان محقق سرآمد علمی کشور (دکتر باقر افتخاری-سال ۱۳۹۵)

۸- سنتز یک نانو ترکیب ضد میکروبی جدید توسط اعضای هیأت علمی دانشکده (سال ۱۳۹۵)

۹- انتخاب عضو هیأت علمی دانشکده به عنوان محقق برجسته کشور در زمینه نانو (دکتر صادق رستم‌نیا-سال ۱۳۹۵)

۱۰- انتخاب عضو هیأت علمی دانشکده به عنوان پژوهشگر برتر استان (دکتر صادق رستم‌نیا-سال ۱۳۹۵)

۱۱- انتخاب عضو هیأت علمی دانشکده به عنوان پژوهشگر برتر دانشکده (دکتر غلامرضا مهدوی‌نیا-سال ۱۳۹۵)

۱۲- تهیه نانوکاتالیست گرافنی مغناطیسی جهت تولید ترکیبات شیمیایی توسط عضو هیأت علمی دانشکده (دکتر صادق رستم‌نیا-سال ۱۳۹۵)

۱۳- انتخاب عضو هیأت علمی دانشکده به عنوان پژوهشگر جوان برجسته علوم‌پایه کشور (دکتر صادق رستم‌نیا-سال ۱۳۹۶)

۱۴- کسب رتبه ۵۰ رشته میکروبیولوژی توسط یکی از دانشجویان دانشکده (سال ۱۳۹۶)

۱۵- کسب رتبه ۲۴ رشته بیوتکنولوژی توسط یکی از دانشجویان دانشکده (سال ۱۳۹۶)

۱۶- انتخاب دانشجوی دانشکده به عنوان ۵ نفر برتر المپیاد شیمی (سال ۱۳۹۶)

۱۷- انتخاب مقاله عضو هیأت علمی دانشکده به عنوان مقاله Highly cited paper (دکتر کریم کاکایی-سال ۱۳۹۶)

۱۸- چاپ سومین مقاله عضو هیأت علمی دانشکده در مجله Chemical Reviews (دکتر باقر افتخاری-سال ۱۳۹۶)

۱۹- کسب دو عنوان برتر دهمین جشنواره سراسری رسانه و نشریات دانشجویی توسط دانشجویان دانشکده (سال ۱۳۹۶)

۲۰- نمایه شدن مجله آنالیز ریاضی سهند دانشکده در Emerging Sources Citation Index (سال ۱۳۹۶)

۲۱- کسب رتبه اول دکترای نانوشیمی کشور توسط دانشجوی دانشکده (سال ۱۳۹۶)